Диаграмма связей (мне больше нравится название "ментальная карта") — вот оно, именно так мне хотелось бы научится организовывать свою информацию (в самом широком смысле). Пока, из удобных вариантов мне видится только цифровые, причем хотелось бы запрограммировать это всё самому (чтоб и удобно и чтоб была возможность совершенствовать код по мере собственного развития). Но первые эскизы будут на бумаге, конечно.
Ссылка на случай, если захотите почитать об этом в русской wiki
upd.: Из софта рекомендуют "FreeMind"...